cd /bigdisk/anonftp/pub/xenbase/genomics

/data/download/pub/xenbase/genomics


1806  cd mnemo
 1807  ls
 1808  ls -ltr
 1809  chgrp -R geomasters .
 1810  ls -ltr
 1811  cp -R ./GSE* /data/download/pub/xenbase/genomics/GEO5

 
 
 1821  cd /home/mnemo
 1822  ls
 1823  rm -rf GSE*

 
1809  chgrp -R geomasters .
 


# set the group to geomasters for all the files and folders that you add.
chgrp -R geomasters /bigdisk/home/anonftp/genomics/GEO
	
/data/download/pub/xenbase/genomics/GEO5

cd /data/download/pub/xenbase/genomics/GEO5

# setup all *.bw so that we cannot read file unless owner 

find . -name "*.bw" -exec sudo chmod -R 700 {} \;

find . -name "*.bw" -exec echo {} \;

find . -name "*.bw" -exec sudo chmod -R 664 {} \;


find . -name "*.bed" -exec sudo chmod -R 700 {} \;

find . -name "*.bed" -exec sudo chmod -R 664 {} \;

cd /data/download/pub/xenbase/genomics

C:\Users\troy.pells\Documents\ftp_svr\data\ftp\pub\genomics\GEO5

sudo chgrp -R geomasters /data/download/pub/xenbase/genomics/GEO
sudo chgrp -R geomasters /data/download/pub/xenbase/genomics/GEO5

cd /data/download/pub/xenbase/genomics/GEO
sudo chmod -R 775 *

cd /data/download/pub/xenbase/genomics/GEO5
#sudo chmod -R 775 *
sudo chmod -R 664 *



# asat 20230901 

cp -R ./GEO5/GSE14025 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE14952 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE118024 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE119124 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE122551 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE130448 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE130816 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE131962 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE132116 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE137844 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE143795 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE148726 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE149538 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE150911 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE153058 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE155553 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE160777 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE164204 ./GEO



# asat 20230825
/data/download/pub/xenbase/genomics

cp -R ./GEO5/GSE92366 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE96655 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE111171 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE112718 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE115220 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE115224 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE116819 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE117754 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE124168 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE125982 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE126058 ./GEO


	

# asat 20230722

# copy data back to GEO folder ; only has v10 data to add 
cd /bigdisk/anonftp/pub/xenbase/genomics
cp -R ./GEO5/GSE73430 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE73870 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE73904 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE74470 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE75164 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE75278 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE76342 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE76915 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE76991 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE76994 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE77281 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE77363 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE77364 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE77724 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE78176 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE83784 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE86382 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE87652 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE87653 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE88975 ./GEO
cp -R ./GEO5/GSE89271 ./GEO




-- has RNA-seq ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE93195 ./GEO 

cp -R ./GEO5/GSE19173 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE21482 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE22146 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE30067 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE33444 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE37452 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE38605 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE41338 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE43520 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE43652 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE45786 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE48663 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE52809 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE53653 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE56000 ./GEO 

-- added back  ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE106157 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE80971 ./GEO 
 
--chipseq only ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE30146 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE41161 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE48560 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE53652 ./GEO 



sudo chown -R kermit:geomasters /bigdisk/anonftp/pub/xenbase/genomics/GEO
cd /bigdisk/anonftp/pub/xenbase/genomics/GEO
#sudo chmod -R 775 *



# 20230507

#cp -R ./GEO5/GSE56169 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE56242 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE56586 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE58420 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE59309 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE63228 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE64551 ./GEO 
#cp -R ./GEO5/GSE67974 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE68972 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE69701 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE71006 ./GEO 
#cp -R ./GEO5/GSE72657 ./GEO 
cp -R ./GEO5/GSE73419 ./GEO